違い

3Dクラシックス版のパルテナの鏡がやけに簡単だったので、
WiiのVC版を、イッキくんのWiiに落として確かめてみたところ、
3Dクラシックス版は少なくとも、
・操作性の向上や追加要素
・コンテニュー後は体力全回
・体力増加時、増加した分だけHP回復
・ENDクレジットの追加
・天空の神殿における操作の変更
・メデューサ戦におけるちょっとした演出の追加
・ステージクリア時、自動でセーブ
・一部の敵の動きの変行動パターンの変更・追加要素
・ナスビ使いのナスビ連続投げが無い（？）
・ピットくんが背景に隠れない
といった変更点が付け加えられているようです。（海外版と同じ仕様？）

オリジナル版やVC版は死なないとセーブできないので、
3D版はわざと自滅する必要がありません。